C'est sans doute le domaine le plus complexe et le plus discuté de la bili-IRM. Même si elle apparaît fiable dans la détection des calculs (entre 90 et 100 % selon les séries)(Fulcher, Guibaud), les calculs inférieurs à 2 mm sont en pratique difficiles à reconnaître surtout si ils sont enclavés. L'écho-endoscopie est souvent plus efficace pour rechercher les calculs du bas cholédoque. Il est possible dans le même temps opératoire de réaliser une sphinctérotomie et de traiter le patient. En revanche l'IRM garde tout sont intérêt pour les calculs intrahépatiques qui sont difficiles à explorer en echoendoscopie.(Vur)

Les conglomérats biliaires sont fréquents en cas d'obstacle. De consistance molle au début, ils peuvent devenir de plus en plus organisés avec le temps et constituer de véritables moules compacts. En IRM, ils apparaissent comme des bandes plus ou moins serpigineuses en hypo-signal T1 et T2 (Dossier), l'hypo-signal n'est pas toujours aussi franc que pour les calculs. Mais c'est surtout des arguments de forme qui vont permettre de les différencier des véritables calculs.

L'aérobilie peut poser quelques difficultés diagnostiques. REGENT recommande pour différencier une bulle d'air d'un calcul de réaliser des coupes dans un plan vertical qu'il soit axial, sagittal ou oblique. Les bulles d'air ont tendance à migrer dans la partie haute de la voie biliaire alors que le calcul est déclive. De plus, un niveau rectiligne peut être vu et traduire le caractère fluide de la lacune.
Dans les cas les plus difficiles la tomodensitométrie peut compléter utilement l'IRM.(Soto)

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